Początkowo pracował jako wikariusz w parafii Wniebowzięcia NMP w Nowym Wiśniczu (1965-1967), następnie w parafii Wniebowzięcia NMP w Krynicy-Zdroju (z przerwą na studia wyższe). W latach 1977-1978 posługiwał w parafii św. Mateusza w Mielcu. Między 1978 a 1980 pracował wśród Polaków w Berlinie. Po powrocie do kraju objął probostwo parafii Bożego Ciała w Bieczu, sprawując w latach 1982-1991 funkcję dziekana dekanatu Biecz. Już wtedy (1984-1989) był członkiem Komisji Episkopatu Polski ds. Duszpasterstwa Ogólnego.
Podjął jednocześnie studia i pracę naukową. W 1971 uzyskał na Wydziale Teologii KUL magisterium z teologii, następnie w Instytucie Teologii Pastoralnej Wydziału Teologicznego tejże uczelni uzyskał doktorat z teologii pastoralnej na podstawie dysertacji Przemiana religijnej funkcji rodziny w środowisku wiejskim (na przykładzie wybranych wsi powiatu tarnowskiego). W 1980 objął stanowisko adiunkta w Instytucie Studiów nad Rodziną w Akademii Teologii Katolickiej (dzisiaj Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie), gdzie do 1982 prowadził wykłady z zakresu katolickiej nauki społecznej. Wykładowcą tego przedmiotu został również w 1991 r. w Wyższym Seminarium Duchownym w Tarnowie.
Papież Jan Paweł II 22 czerwca 1991 r. mianował ks. Jana Styrnę biskupem pomocniczym diecezji tarnowskiej. Święcenia biskupie otrzymał w tarnowskiej katedrze 28 lipca 1991 r., obierając za swoje zawołanie słowa In nomie Domini (W imię Pana). Inną decyzją papieża – z 2 sierpnia 2003 r. – został przeniesiony na urząd biskupa ordynariusza diecezji elbląskiej. Ingres do tamtejszej katedry odbył 23 sierpnia tegoż roku. Po dziesięciu latach urzędowania, ze względu na stan zdrowia, zrezygnował z funkcji. Do 28 maja 2014 r. wypełniał obowiązki administratora diecezji, w której zamieszkał na emeryturze. W ramach Konferencji Episkopatu Polski w 1997 r. został członkiem Komisji ds. Misji, w 2001 r. został krajowym duszpasterzem rolników. Był członkiem Komisji Rewizyjnej i Rady Ekonomicznej Episkopatu, jak również członkiem Komisji Rewizyjnej Fundacji Dzieło Nowego Tysiąclecia.
Zmarł 28 września 2022 w Elblągu, zaś 3 października (poniedziałek) zostanie pochowany w krypcie biskupów w Katedrze Elbląskiej.
Niech odpoczywa w pokoju